Prachatické muzeum bylo založeno roku 1904 z iniciativy muzejního spolku. Jeho počátky nebyly spjaty se stávající budovou. Muzeum bylo umístěno v přízemí budovy městské radnice. Teprve r.1946 získalo městské muzeum pro své potřeby dům Žďárských na Velkém náměstí, známý i pod názvem Sittrův dům. Jde o renesanční měšťanský dům s gotickým jádrem, renesanční přestavba spadá do r.1604. Díky bohaté malířské výzdobě patří k nejkrásnějším domům v Prachaticích. V roce 2010 se v Prachaticích a v celé široké oblasti od bavorského Pasova až po severní pomezí Šumavy od Prachatic po Kašperské Hory chystají velkolepé oslavy millennia Zlaté stezky. Prachatické muzeum otevře k této příležitosti novou expozici Zlaté stezky, která představí výsledky dlouholetého výzkumu této známé středověké cesty a zároveň působivým způsobem přenese návštěvníky do dob její slávy a zprostředkuje jim její specifickou atmosféru. Sbírky muzea odpovídají svým počtem a charakterem významu středně velkého regionálního muzea,které vzešlo z muzea městského.