Město na soutoku Vltavy a Malše je jako ves poprvé doloženo roku 1251. Počátek prudkého rozvoje spadá do doby Přemysla Otakara II., který se zde rozhodl vybudovat hlavní středisko královské moci v jižních Čechách. Město se díky výhodné poloze rychle hospodářsky vzmáhalo. Největšího rozkvětu bylo dosaženo v 16. století, především vlivem rozsáhlé těžby stříbra v okolních dolech a zisků plynoucích do městské pokladny z vaření piva, rybničního hospodaření či obchodu se solí. Stavba koněspřežní železnice, první na evropském kontinentě, vedoucí po trase České Budějovice - Linec v 19. století, podnítila rozvoj obchodu a průmyslu. V této době vznikaly významné továrny, které fungují až dodnes. V dnešním historickém centru kolem náměstí Přemysla Otakara II. se dochovala řada památek, např. renesanční radnice, goticko-renesanční Černá věž, vysoká 72 m, zbrojnice, katedrální chrám sv. Mikuláše, renesanční kapucínský kostel sv. Anny, původně hřbitovní kaple Smrtelných úzkostí Páně nebo klášter dominikánů s kostelem Obětování P. Marie. Historické jádro města je od roku 1980 památkovou rezervací a dnes se v něm nachází cca 250 kulturních památek. V přilehlém ochranném pásu, zahrnujícím mladší městská předměstí, přesahuje jejich počet 50. Z průmyslových závodů proslavily České Budějovice především firmy KOH-I-NOR, vyrábějící tužky, a Budvar, kde se od roku 1894 vaří pivo.