Muzeum Vysočiny Havlíčkův Brod sídlí v Havlíčkově domě, který je majetkem města Havlíčkův Brod. Část sbírek se nachází přímo v Havlíčkově domě v expozici věnované Karlu Havlíčkovi Borovskému, většina je deponována v centrálním depozitáři v suterénu budovy Státního okresního archivu, kde se nachází i konzervátorské pracoviště. Část sbírek je dlouhodobě zapůjčena v expozicích na hradě Ledeč nad Sázavou a v Lipnici nad Sázavou.