Muzeum vzniklo v Mezinárodním roce astronomie 2009  díky porozumění majitelky domu paní Jitky Steinwaldové a s podporou České astronomické společnosti Magistrátu hl. města Prahy a Agentury ProVás. Česká astronomická společnost je vědecká společnost s historií od roku 1917, sdružená v Radě vědeckých společností České republiky při Akademii věd. Tři kruhy v logu Keplerova muzea představují postupně Mars, Zemi a Slunce. Jsou to tělesa, jejichž vzájemnou polohou se Kepler v Praze zabýval. Autorkou loga je Kateřina Kerelová. I samotné vstupenky návštěvníky překvapí. Najdou na nich totiž astronomický ciferník pražského orloje, na němž bude znázorněn přesný okamžik vstupu do muzea, který bude také uveden po staročeském a babylonském způsobu. Nebude chybět ani hvězdný čas. Na druhé straně vstupenky je natištěna část renesanční mapy hvězdné oblohy. Celou mapu lze složit z 12 vstupenek.