V depozitářích Muzea hlavního města Prahy je uloženo velké bohatství sbírkových předmětů, dokumentujících dějiny hlavního města. Počet jednotlivých kusů z oborů historie, historie umění a archeologie dnes přesahuje číslo jeden milion. Početně nejrozsáhlejší celek tvoří archeologické sbírky, získané převážně z vlastních archeologických výzkumů muzea. Vznikaly od prvních let existence muzea, protože již první ředitel muzea Břetislav Jelínek byl nadšený amatérský archeolog. Jelínkova kolekce byla později rozšířena o archeologické nálezy jiného archeologa – Josefa Antonína Jíry (1868–1930), který roku 1912 založil v dejvické barokní usedlosti Hanspaulka archeologické muzeum. V posledních desetiletích se muzeum pokusilo dokumentovat dějiny Prahy a život jejích obyvatel ve 20. století shromažďováním trojrozměrných sbírkových předmětů. Vznikly tak zajímavé kolekce hmotných dokladů např. k oběma světovým válkám a Květnovému povstání roku 1945 nebo soubor reklamních předmětů z období předmnichovské republiky. S obdobím 20. století jsou spojeny i sbírky odznaků, řádů a vyznamenání. Expozicemi muzea je hlavní budova, Mullerova vila a Podskalská celnice na Výtoni.