Sbírkový fond Národního zemědělského muzea zapsaný do Centrální evidence sbírek tvoří jednak trojrozměrné předměty členící se do 19 podsbírek a dále fotoarchív muzea. Vedle těchto sbírkových předmětů je v muzeu uložena i knihovna spravovaná podle zákona o veřejných knihovnách a muzejní archív podléhající zákonu o archivnictví. Součástí národní kulturní památky zámek Kačina, která je jedním z odborných úseků NZM je i knihovní fond rodové Chotkovské knihovny. Sbírkový fond Národního zemědělského muzea obsahuje téměř 40 000 trojrozměrných předmětů, fotoarchív dalších více jak 50 000 fotografií, knihovna NZM přes 120 000 svazků knih a časopisů, Chotkovská knihovna přibližně 40 000 svazků a archiv NZM má více jak 300 běžných metrů archiválií.Sbírkový fond je uložen na jednotlivých odborných úsecích NZM podle jejich oborového zaměření. Vzhledem k rekonstrukci budovy je nyní v Praze umístěn pouze archív a fotoarchív muzea. Na Kačině jsou uloženy sbírkové předměty vztahující se k zemědělství, životu na venkově, potravinářství a dále muzejní knihovna a rodová Chotkovská knihovna. Na Ohradě jsou uloženy sbírky vztahující se k lesnictví, myslivosti a rybářství. Ve Valticích lze nalézt sbírky vztahující se k zahradnictví a k životnímu prostředí.