V súčasnosti má múzeum tieto objekty: dva meštianske domy a hrad s prístavbou. Sídlom múzea je Kežmarský hrad s netypickou polohou takmer v strede mesta. Archeologická expozícia v hlavnej budove čerpá z archeologických nálezov na kežmarských a ďalších spišských lokalitách. Expozícia Kežmarok - slobodné kráľovské mesto, Expozícia cechov a remesiel, Expozícia historických zbran.