Múzeum TANAPu nadväzuje na tradície siahajúce až do roku 1883, keď Uhorský karpatský spolok založil v Poprade Karpatské múzeum. V roku 1949 bol prijatý zákon o Tatranskom národnom parku. Jednou z úloh správy parku bolo vytvoriť Múzeum TANAPu Výskumnú stanicu a Múzeum. Múzeum TANAPu sídlilo od svojho vzniku v roku 1957 až do roku 1959 v Podtatranskom múzeu v Poprade. Po presťahovaní do Tatranskej Lomnice vznikla prvá expozícia v tzv. Sečéniovskom letohrádku. Nová expozícia bola inštalovaná až v novej budove, jednej z prvých účelových múzeálnych novostavieb na Slovensku. Zbierky múzea obsahujú množstvo predmetov z oblasti botaniky, zoológie, histórie, kartografie, geológie a etnografie.