Podtatranské múzeum v Poprade bolo založené Uhorským karpatským spolkom v roku 1876. Vzhľadom na nezhody okolo umiestnenia múzea medzi došlo v roku 1882 k otvoreniu Tatranského múzea vo Veľkej a v roku 1886 Karpatského múzea v Poprade. V roku 1945 sa obe múzeá spojili do jedného s názvom Tatranské múzeum okresu Popradského (od roku 1961 Podtatranské múzeum). V roku 1978 získalo múzeum budovu v Spiškej Sobote, ktorá v súčasnosti tiež slúži na expozičné účely.