Múzeum v Holíči bolo otvorené v roku 1992 ako vysunutá expozícia Záhorského múzea v Skalici, ktorá zahŕňala zbierku keramiky. Nachádza sa v jednej z historických manufaktúrnych budov , ktoré dal v roku 1755 postaviť František Štefan Lotrinský, manžel Márie Terézie. Ide o dvojpodlažnú barokovo-klasicistickú stavbu, v ktorej sa vyrábala holíčska keramika – fajansa, známa v tom čase po celej Európe. Manufaktúra mala okolo 80 zamestnancov, ktorí pracovali na jednotlivých pracoviskách ako napr.: pri príprave hliny, v laboratóriách, vo výrobniach mufiel, pri peciach, v maliarskych dielňach, skladoch, predajniach a kanceláriách. V budove boli aj byty pre zamestnancov. V roku 2005, kedy si mesto Holíč pripomenulo 800 rokov od prvej písomnej zmienky o Holíči, vtedajšom Wyware, prešlo múzeum zásadnou premenou. Vznikla galerijná časť, do ktorej daroval obrazy holíčsky neprofesionálny maliar Otto Kroupa.